El Puerto de Pasajes está dotado con una diversificación y calidad de medios excelente para realizar de una manera ágil y eficaz las tareas de carga, descarga, manipulación y almacenamiento de las mercancías. Así, los muelles están equipados con un total de 17 grúas de potencia diversa distribuidas entre los distintos muelles según los usos a los que están destinadas. Todas ellas son propiedad de particulares. Las variedades de potencia y de utillaje permiten la manipulación, prácticamente, de todo tipo de mercancías. Igualmente, el puerto dispone de tres pasarelas móviles para el tráfico roll-on, roll-off. Del mismo modo, existen instalaciones diversas para el sector pesquero y para actividades complementarias: